Le siège de l’AFROSAI est permanent et sa localisation est décidée par l’Assemblée Générale, affirmant ainsi le caractère institutionnel et stable de l’Organisation. Le pays hôte joue un rôle central, puisque le Chef de l’Institution Supérieure de Contrôle des Finances Publiques dudit pays assume les fonctions de Secrétaire Général. À ce titre, il ou elle assure la supervision et le contrôle interne des activités de la Direction Exécutive, veille à son bon fonctionnement et rend compte régulièrement de sa mission à l’Assemblée Générale et au Comité Directeur. Le Secrétaire Général représente également l’AFROSAI auprès du Comité Directeur et du Congrès de l’INTOSAI, en collaboration avec la Direction Exécutive et conformément aux Statuts de cette organisation internationale.
Il lui revient aussi de proposer la nomination du Directeur Exécutif après appel à candidature, de faciliter auprès des autorités nationales les conditions diplomatiques, juridiques et financières nécessaires au bon fonctionnement du siège, et de garantir la mise à disposition de locaux adéquats ainsi que la prise en charge des coûts y afférents. Le pays hôte ne peut toutefois abriter simultanément le siège d’une organisation sous-régionale. En cas de force majeure, rendant impossible le fonctionnement normal du Secrétariat Général, le Comité Directeur peut décider du transfert temporaire du siège, décision qui devra être entérinée par l’Assemblée Générale suivante.
